Za pierwotną ludność obecnego Burundi uważa się plemiona zbieracko-łowieckie Pigmejów Twa. W I tysiącleciu n.e. napływał rolniczy lud Hutu, w poł. 11 tysiąclecia pojawił się pasterski lud Tutsi. Według tradycji legendarny bohater przybyły z północy, Ntare Ruhatsi, miał być założycielem państwa p.n. Urundi (XVI lub XVII w.); ludność Urundi stanowili w ok. 80% Hutu, a w ok. 20% Tutsi. Polityczną i ekonomiczną władzę w państwie sprawował boski monarcha mwani, opierając się na dziedzicznej arystokracji ganwa, wywodzącej się z Tutsi, jednakże status społeczny pozostałych Tutsi nie różnił się od Hutu. stolicą państwa i ośrodkiem władzy była Kitenga. Państwo to, omijane przez szlaki handlowe wewnątrz kontynentu, pozostawało w cieniu sąsiedniego państwa Ruandy i stosunkowo długo było też nieznane Europejczykom, w końcu XIX w. musiało stawić czoła zagrożeniom zewnętrznym: ekspedycjom arabskich łowców niewolników z Zanzibaru oraz penetracji europejczyków; pierwsi eksploratorzy, R. Burton i J. Speke, dotarli tu 1857-59, następnie 1871 – H.M. Stanley i D. Lwingstone. W 1879 założono pierwszą misję katolicką. Na kongresie berlińskim (1885) Burundi zostało zaliczone do niemieckiej strefy wpływów, jednakże pierwsi Niemcy pojawili się tu 1896 roku. W 1903 w traktacie z Kiganda mwani uznał zależność od Niemiec i Burundi stało się częścią – Niemieckiej Afryki Wschodniej.
Władze niemieckie opierały się na hierarchii lokalnej oraz na licznych misjach chrześcijańskich. W 1916 Burundi i sąsiednia Ruanda zostały zajęte przez wojska belgijskie i dołączone do Konga Belgijskiego. W 1923 Belgia otrzymała od Ligi Narodów mandat nad Ruandą-Urundi, które 1925 przyłączyła do Konga. Po II wojnie światowej B. wraz z Ruandą stanowiło terytorium powiernicze ONZ pod administracją belgijską. Zarówno Niemcy, jak i Belgia popierały chrystianizację kraju i utrzymywały dominację Tutsi nad ludami Hutu i Twa. Pod presją ONZ władze belgijskie zainicjowały demokratyzację kraju i proces zmierzający ku niepodległości. Około 1960 r. istniało w Burundi ponad 20 partii politycznych, z dominującą Partią Jedności na rzecz Postępu Narodowego (UPRONA), założona 1959 przez L. Rwagasore, syna króla. W 1961 po zwycięstwie UPRONA w wyborach parlamentarnych pod egidą ONZ, Belgia przyznała Ruandzie-Urundi autonomię wewnętrzną i – 1962 – niepodległość, odrębnie Ruandzie i Burundi (zgodnie z żądaniem obu krajów). Na czele państwa stanął mwani Mwambutsa IV Charles (panujący od 1915), respektujący zasadę równowagi Tutsi i Hutu (równa reprezentacja w rządzie). W 1965, mimo zwycięstwa Hutu w wyborach parlamentarnych, król mianował premierem księcia z plemienia Tutsi, co wywołało zamieszki, a w następstwie krwawe represje wobec Hutu. W lipcu 1966 mwani został zdetronizowany przez swego syna, Ntare V. W listopadzie tegoż roku płk M. Micombero, premier z nominacji nowego króla, obalił go, ogłosił Burundi republiką, a siebie prezydentem. Partią rządzącą pozostała UPRONA. Czystki wśród polityków i w armii zwiększyły supremację Tutsi, a skład powołanej 1971 Najwyższej Rady Republiki jeszcze ją pogłębił. Nieudany zamach stanu (zabójstwo Ntare V) IV 1972 i powstanie Hutu na południu spowodowały represje na niespotykaną skalę: w masakrach zginęło 100-200 tys. Hutu, eliminowano Hutu z armii – doprowadziło to do ucieczki ok. 200 tys. Hutu za granicę, głównie do Zairu (ob. Demokratycznej Republiki Konga), Tanzanii i Ruandy. Konstytucja z 1974 wprowadziła rządy jednopartyjne UPRONA (faktycznie armii). W 1976 w wyniku bezkrwawego zamachu stanu władzę przejął płk J.B. Bagaza (Tutsi), jako szef Wojsk Rady Rewolucji i od 1977 prezydent (reelekcje 1982 i 1984) oraz przywódca rządzącej UPRONA. Początkowo starał się ponownie wprowadzić przedstawicieli Hutu do administracji państw. Od 1984 zaostrzył represje wobec opozycji i Kościoła katolickiego. Efektem był 1987 kolejny zamach stanu: jego przywódca mjr P. Buyoya (Tutsi) został prezydentem i szefem Wojsk. Komitet Ocalenia Narodowego rozwiązał parlament, zawiesił konstytucję i nadal nie dopuszczał Hutu do władzy. W 1988 po kolejnych masakrach na tle etnicznym (ok. 200 rys. zabitych, 60 tys. uchodźców, gł. Hutu, do Ruandy) doszło do próby pojednania: premierem rządu, złożonego w połowie z przedstawicieli obu ludów został A. Sibomana (Hutu). Referendum z 1992 roku zatwierdzające nową konstytucję i system wielopartyjny, umożliwiło 1993 zwycięstwo reprezentacji Hutu (dotąd nielegalnej) p.n. Front na Rzecz Demokratyzacji w Burundi (FRODEBU), a w wyborach prezydenckich jej przywódcy M. Ndadaye. Kilka miesięcy później prezydent Ndadaye został zabity w czasie próby przewrotu wojskowego, a kraj znów ogarnęła fala krwawych zajść. Nowy prezydent, wybrany przez Zgromadzenie Narodowe, w wyniku kompromisu między UPRONA a FRODEBU zginął 6 IV 1994, wraz z prezydentem Ruandy J. Habyarimaną w zestrzelonym samolocie. Kolejny prezydent – S. Ntibantunganya (FRODEBU) – wobec wzrostu napięcia i obaw przed powtórzeniem się w Burundi wydarzeń z Ruandy, zaapelował 1996 o wojskową interwencję zagraniczną, ale wobec oporu Tutsi szybko się z tego wycofał. W Burundi nastąpił rozpad władz. W tej sytuacji były prezydent Buyoya (UPRONA) wrócił do władzy 25 VII 1996 w wyniku bezkrwawego wojskowego zamachu stanu, wprowadził stan wyjątkowy i zamknął granice państwa, obiecując doprowadzić do normalizacji i pojednania narodów. Międzynarodowy szczyt w Arushy nałożył na Burundi sankcje ekonomiczne w celu nakłonienia nowej ekipy rządzącej do ugody z obaloną.W latach 1997-98, mimo oporu frakcji radykalnych, postępowała normalizacja kraju, powróciło wielu emigrantów, społeczność międzynarodowa ograniczyła sankcje. W wyniku kompromisu między rządem a FRODEBU została wprowadzona (VI 1998) nowa konstytucja oraz uznano prezydenturę Buyoi.
Nadal jednak nie ma pełnej zgody zwaśnionych stron, a kilkaset tys. uchodźców pozostaje za granicą.